Kinder und Jugendliche, welche aufgrund ihres besonderen Bildungsbedarfes (geistigen Behinderung, einer Sinnes-, Körper- oder Mehrfachbehinderung, Lern-, Verhaltens-, Sprachbehinderung) mit den sonderpädagogischen Angeboten der Regelschule ausgewiesenermassen nicht ausreichend beschult werden können, werden im Rahmen der Angebote der Sonderschulung unterrichtet. In Zusammenhang mit der Feststellung eines allfälligen besonderen Bildungsbedarfes und beim Anmeldeverfahren zur Prüfung eines Bedarfes arbeitet die Schule eng mit den Eltern zusammen.
Die Zuweisung zur Sonderschulung bedarf zwingend eines standardisierten Abklärungsverfahrens (SAV) durch den Schulpsychologischen Dienst (SPD), mit Empfehlung zur Form der Sonderschulung (integrativ oder separativ, in seltenen Fällen zeitlich befristeter Einzelunterricht) und eines Beschlusses der Schulpflege. Eine Sonderschulung kann als in der Regelklasse integrierte Massnahme oder separativ in einer externen Sonderschule erfolgen. Die Schule Wallisellen fördert, wenn immer möglich, die integrierte Sonderschulung in den eigenen Regelklassen.